Çeşitli din, mezhep ve etnik kökenlere sahip bir halk üzerinde hakimiyetlerinin tesis eden Artuklu hükümdarlarının Müslüman olmayanlarla ilişkileri de önemli bir konu olarak karşımıza çıkmaktadır.
Çeşitli tartışmalar yapmak mümkünse de Artuklular, Müslüman olmayan unsurlara, siyasal, ekonomik, dinsel vs. konularda adaletle yaklaşmayı esas almışlardır. Kaynaklara göre Artuklular, başlıca Ermeni, Rum ve Süryanilerden oluşan Hıristiyanlara dinsel özgürlüklerini tanımışlardır. Artuklular, diğer İslam toplumlarında olduğu gibi sosyolojik anlamda dinler arası uyum diyebileceğimiz hoşgörüye ve farklılıklarla birbirini kabul etmeye dayalı ilişkiyi tesis etmeye çalışmışlardır. (Turan, 1980: 203-206; Bosworth, 2005; 269; Aydın vd., 2001: 89 vd.). Örneğin Timurtaş, dinî taaasuptan çok uzak bir siyasal kişilik olarak karşımıza çıkmaktadır.
Davud b. Sökmen zamanında Yakubi ve Ermeni patriklerinin önemli nüfuzu vardı (Köprülü, 1997: 623). Hatta bazı hükümdarlar Hıristiyan ve Yahudi alimlerle iyi diyalog ve dostluklar geliştirmişlerdir. Örneğin II. İlgazi Mardinli Hıristiyan bilgin Ebû Said b. Halid b. el-Mübarek ile yakın bir dost idi (Turan, 1980: 220). Müslüman halk da Hıristiyanlara mümkün mertebe iyi davranmışlardır. Onlarla hep birlikte yaşamış ve iyi ilişkiler kurmuşlardır. Hırisitiyanlar, özgürce ibadethanelerini inşa etmiş ve ibadetlerini ifa etmişlerdir. Haçlı seferlerinin oluşturduğu olumsuz psikoloji, bir ara (Atabeg Nureddin Mahmud zamanı) halk arasında Hıristiyan karşıtı bir hava yarattıysa da bu hava görece kısa sürmüş ve Hıristiyanlar hürriyet ve refah içinde yaşamışlardır.
Belirtmek gerekir ki Müslümanlarla en iyi uyum ve diyalog halinde olan Hıristiyanlar Süryanilerdi. Müslümanlarla Hıristiyanlar arasındaki ilişkilerde Artuklu hükümdarlarının ilmî faaliyetler çerçevesinde, örneğin tercüme doyalımından da bazı Hıristiyanlarla ilişkide bulunduğu görülmektedir. Mesela Necmeddin Alpı, Dioskorid’in Süryanice tıp kitabı Malatyalı Süryani cemaatinden Selim’e Arapça’ya tercüme ettirmiş, fakat bu tercüme eksik bulunduğundan Mansur bin Mihran tarafından yeniden çevrilmiştir (Artuk, 1944: 92; Dolapönü, 1972: 45). Artukluların Müslüman olmayan unsurların ibadethanelerini de gözettikleri anlaşılmaktadır. Örneğin Alpı, kiliselerle oldukça yakından ilgilenmiştir (Aydın vd., 2001: 95). Necmeddin Gazi (1239-1259) Mardin’e bağlı Kıllık’taki Süryanilere ait iki manastırı onarmış ve dört taş üzerine adını ve tarihlerini yazdırmıştır (Dolapönü, 1972: 50). Nureddin’in yaptığı gibi (1171-74) bazı istisnalar, yani kilise yıkımı vs. olmuşsa da bu genel bir durum olmamıştır.
Artuklular zamanında Yezidiler de sosyal ve siyasal olarak varlıklarını hissettirmişlerdir. Şeyh Adi b. Musâfir’e bağlılıktan doğan Yezidilik, özellikle 14. Yüzyılda bölgede Hakkari, Musul ve Sincar ile çevresinde özellikle dağlık bölgelerde yaşayan Kürtlerin bağlı bulunduğu mezheptir.
Yezidiler, Moğollara karşı Türkmenlerin yanında yer almışlardır (Turan, 1980: 228-231). Batıniler, Hariciler ve Şiilerin, Artukluların bölgesinde Sünni çoğunluk tarafından önemli bir sorun olarak görüldüğü anlaşılmaktadır. Fakat medreselerin tesis edilip Sünni öğretinin eğitimde esas olması ve Sünni din adamlarının çabalarıyla Sünnilik bölgede hakim olmuştur. Yine de Batınilerin zaman zaman saldırılarda bulundukları görülmektedir. Batıniler, Müslüman devlet ve din adamlarına süikastlar düzenlemiş ve bazı önemli şahsiyetleri öldürebilmişlerdir. Diyarbakır’da halk, batınileri 1124 yılında kovmuştur (Turan, 1980: 225-226). Türk, Kürt ve Arap etnik kökenlerinden olan Müslümanların kendi aralarındaki ilişkileri, zaman zaman aşiret kültürüne bağlı olarak bazı çatışmalar çıksa da genelde kardeşlik duygusu içinde gerçekleşmiştir. Moğollarla savaşlarda veya başka savaşlarda bazen Müslüman Kürt unsurlardan bazılarının İslam toplumuna karşı diğerlerinin yanında yer aldıkları da vakidir (Turan, 1980: 236-37).